Der Bau, heute eine Dreiflügelanlage mit zweigeschossigem Haupthaus und zwei dreigeschossigen Seitenflügeln, einem dem Haupthaus mittig vorgestellten Treppenhaus und zwei Altanen jeweils vor den Haupteingängen, erfuhr seit dem ausgehenden 16. Jahrhundert mehrere Überbauungen und Erweiterungen. 

Man darf vermuten, dass der rechte (nördliche) Teil des Haupthauses bereits ab ca. 1575 durch den Kurfürstlich-brandenburgischen Geheimen Rat und Statthalter zu Küstrin Zacharias von Grüneberg (1516-1581), der das Dorf Heinersdorf 1572 von den Johannitern erwarb, errichtet wurde. Diese These wird zunächst dadurch gestützt, dass nur dieser Teil des Gebäudekomplexes unterkellert ist, nämlich mit für diese Zeit charakteristischen Tonnengewölben. Darüber hinaus ist die Innenwand vom Treppenhausvorbau ins Hauptgebäude bedeutend stärker als die Außenwände des Vorbaus. 

Im Jahr 1680 erwarb das Rittergut Heinersdorf Franz von Meinders (1630-1695), Wirklicher Geheimer Staats- und Kriegsrat und Direktor des Ravensburgischen Appellationsgerichtes. Er wurde auf Grund seiner vor allem diplomatischen Verdienste vom Großen Kurfürsten mehrfach belehnt, u.a. auch mit dem Rittergut Tasdorf, heute einem Ortsteil von Rüdersdorf. Darüber hinaus wurde er vom Großen Kurfürsten geadelt, später sogar von Kaiser Leopold in den Reichsadelsstand gehoben. Auf Franz von Meinders geht vor allem die heutige Form des zweigeschossigen Haupthauses mit Walmdach sowie der Treppenhausvorbau zurück.
Vorallem in den oberen nördlichen (rechten) Räumen befinden sich wertvolle barocke Stukkaturen des ausgehenden 17. Jahrhunderts, vergleichbar mit denen des Schlosses Köpenick, die die Initialen von Meinders tragen. Im ehemaligen Roten Salon befindet sich eine von zwei schwebenden Putti gehaltene Initialkartusche als Türbekrönung. In diesem reich mit Stuck verziertem Raum stößt man sogar auf stuckierte Wandfelder, und die ursprüngliche Wandbemalung nimmt die Stuck-Motive (Puttos) wieder auf. Auch der Treppenhausvorbau hat eine Stuckdecke aus dem Barock. 

Die Söhne des Oberamtmanns und Generalpächters der Komturei Lietzen Martin Schulze (1720-1742) erwarben zu Beginn des 19. Jahrhunderts zahlreiche Besitztümer im ehemaligen Kreis Lebus, u.a. Podelzig, Booßen, Falkenhagen, Pillgram, Rosengarten, Wulkow und Petershagen. An Karl Friedrich Wilbelm Schulz (1748-1821) ging 1802 Heinersdorf. 

Sein Enkel Friedrich Robert Schulz (1834-1894) wurde 1883 nobilitiert, so dass sich der Heinersdorfer Zweig der Familie Schulz fortan Schulz von Heinersdorf nennen durfte. Auf ihn und seinen Sohn Günther Schulz von Heinersdorf (1881-1938) geht die heutige Gestalt des Heinersdorfer Herrenhauses in Form einer Dreiflügelanlage nach 1885 zurück. Zunächst wurde offenbar der südliche (linke) Seitenflügel dreigeschossig mit Mansarddach errichtet, der im Erdgeschoss Küchenräume beherbergte und durch den Anbau einer Terrasse einen kleinen Keller erhielt, der u.a. zur Kühlung erlegten Wildes diente.
Der klarer strukturierte Nordflügel, im Treppenhaus erinnert er stark an ein Berliner Hinterhaus der Gründerjahre, entstand offenbar etwas später.
Anstelle der Terrasse auf der Südseite erhielt der Nordflügel einen Wintergarten im Obergeschoss. Der Keller des Haupthauses erhielt einen Durchbruch und wurde um die Fläche des Wintergartens erweitert. Die Decke dieses Kellers besteht aus überdimensionierten sog. Berliner Kappen.

Mit dem Umbau zur Dreiflügelanlage entstand im Obergeschoss des Haupthauses auf der Südseite der große Saal. Er erhielt eine reich verzierte Decke aus manufakturiertem Stuck der Gründerjahre, dasselbe geschah mit der Decke des nach Westen gehenden Empfangsraumes genau auf der Ost-West-Achse.

Die Altane (balkonartige Vorbauten) vor den beiden Haupteingängen im Westen und Osten wurden wahrscheinlich erst nach 1900 errichtet, möglicherweise als Carports für das Automobil des Herrn von Schulz.
In diesem Zusammenhang erlebte der barocke Treppenhausvorbau einige gravierende Veränderungen. So wurden die beiden nach Süden und Norden gehenden großen Fenster zugemauert zugunsten einer großen zweiflügligen Fenstertür, die auf den straßenseitigen Altan führte. Um diesen Altan als Balkon begehbar zu machen, wurde die Haupttreppe gedreht, damit man von ihr über drei hohe zusätzliche Stufen den Altan erreichen konnte. Die Drehung der Treppe hatte zur Folge, dass sie nun direkt auf dem Türstock des Haupteinganges aufliegt. Hier wurde zumindest im Innern des Gebäudes zu Ungunsten der Ästhetik verändert.
An der Nordseite des Gebäudekomplexes schloss sich ein parkartiger Garten an, der allmählich in den dahinter liegenden Park überging.

Auf der Westseite, von der man den Gutshof mit Inspektor Haus, Ställen, Brennerei und Schmiede überblicken konnte, entstand, durch die beiden Seitenflügel eingerahmt, nun ein Ehrenhof mit Bassin und Fontäne.
Die Ost- West-Hauptachse gab dabei den Blick auf den Heinersdorfer See frei.

Der ganze Gebäudekomplex erhielt eine Zentralheizung. Dafür wurde der hintere nordwestliche Kellerraum zur Unterbringung der Kessel vertieft.
Diese Zentralheizung war bei Kriegsende 1945 wahrscheinlich defekt oder verschlissen. Deshalb wurden sämtliche Räume mit Kachelöfen ausgestattet.
Der Durchblick zum See auf der Ost-West-Achse wurde 1954 durch ein Badehaus für die Guts­arbeiter verbaut.

Auf dem Gelände des ehemaligen Gutsgartens nördlich des Gebäudekomplexes entstand von 1952 bis 1954 eine Betriebsberufsschule (BBS) für Landwirtschaftslehrlinge.

Da die Heinersdorfer Schule im Krieg durch eine Bombe zerstört wurde, wurde das Herrenhaus von 1945 bis 1956 zunächst als Schule, Arztpraxis und Lehrlingswohnheim genutzt, später als Landambulatorium mit zwei praktischen Ärzten, einem Zahnmediziner, Zahntechniker und weiterem medizinischen Personal; einem (Kinder-) Dauerheim, einem Kindergarten und einer Kinderkrippe.

Da diese Einrichtungen zu DDR-Zeiten alle dem staatlichen Gesundheitswesen unterstanden, war der Kreis Fürstenwalde und seine Rechtsnachfolger bis 1997 grundbuchlicher Eigentümer.
Quellen:
Thomas Theise "Schlösser und Gärten der Mark - Heinersdorf" 1999
Edgar Schäfer "600 Jahre BehIendorf - ein kleiner Ort mit großer Geschichte" 2005
Bernhard Erdmannsdöffer  "Meinders, Franz von" Wikisource 2011